У Алексея Толстого есть множество произведений, которые знают только специалисты, но есть и всенародно известные. Это романсы на его стихотворения: "Колокольчики мои, цветики степные", "Средь шумного бала", "Звонче жаворонка пенье" и другие. Не менее известен Толстой и балладами на темы русской истории, историческим романом "Князь Серебряный" (1863) из времен Ивана Грозного и драматической трилогией (1866-1870) "Смерть Иоанна Грозного", "Царь Федор Иоаннович" и "Царь Борис". Среди его главнейших поэм - "Иоанн Дамаскин" и "Дракон". Толстой – автор ряда сатирических произведений, в том числе комической истории России, где высмеивается российская тоска по порядку.
В том же насмешливом роде Толстой и его двоюродные братья, Жемчужниковы, писали под коллективным псевдонимом Козьма Прутков. Последним произведением Толстого стала драма из древненовгородской истории "Посадник". Работа над ней началась сразу по окончании трилогии, но завершить он ее не успел.